В слове "мужчина" -чин - суффикс. По суффиксам нельзя установить родственность слов, только по корню. Слово "вотчина", скорее всего, произошло от слова "отец" с чередованием к//ц, то есть это как раз родственные - однокоренные - слова. Вывод: "чин" в этих словах просто созвучные буквосочетания.