17 февраля 1598 года Земский собор избрал царем Бориса Годунова, шурина Фёдора Иоанновича и принес ему присягу на верность, а 3 сентября Борис венчался на царство.
Царствование Бориса ознаменовалось начавшимся сближением России с Западом. Не было прежде на Руси государя, который столь благоволил бы к иностранцам, как Годунов. Он стал приглашать иноземцев на службу.
Царствование Бориса начиналось успешно. Однако вскоре начались беды. Непогода привела к неурожаю, в стране начался голод, продолжавшийся три года. Цена хлеба увеличилась в 100 раз. Стремясь помочь голодающим, Борис не жалел средств, широко раздавая беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену. Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Однако их запасов не хватало на всех голодных. Появились случаи людоедства. Люди начинали думать, что это – кара Божья. Возникало убеждение, что царствование Бориса не благословляется Богом, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой и не может кончиться добром.
Ситуация для Годунова также осложнялась из-за состояния его здоровья. Уже с 1599 года появляются упоминания о его болезнях, нередко царь недомогал и в 1600-е годы.
13 апреля 1605 года Борис Годунов казался весёлым и здоровым, много и с аппетитом ел. Потом поднялся на вышку, с которой нередко обозревал Москву. Вскоре сошёл оттуда, сказав, что чувствует дурноту. Позвали лекаря, но царю стало хуже: из ушей и носа пошла кровь. Царь лишился чувств и вскоре умер.
Ходили слухи, что Годунов в припадке отчаяния отравился; версия о естественной смерти более вероятна, так как Годунов и раньше нередко болел. Похоронили его в Кремлёвском Архангельском соборе.