А какой корень в слове вынуть?
Это слово часто встречается в занимательных задачах по русскому языку. Оно не совсем обычное, часто даже говорят, что у него нет корня. Происходит это потому, что при морфемном разборе корень, действительно, "теряется:
вы- - приставка (по аналогии с выдать, вытянуть, выскочить, вытащить)
-ну- - суффикс со значением однократного действия (шагнуть, кивнуть, толкнуть)
-ть - суффикс неопределенной формы глагола.