Матерью Эллен была эмигрантка из России Элли Джонс (Елизавета Петровна Зиберт). Она родилась в 1904 году в башкирском посёлке Давлеканово в богатой семье потомков немецких протестантов, перебравшихся в Россию ещё при Екатерине Великой. Семья Елизаветы была очень зажиточной, владела крупной недвижимостью: в Уфе до сих пор сохранился особняк, в котором проживала семья Зиберт (в один из приездов в Россию Эллен Томпсон побывала там). После революции Елизавета работала в Уфе и Москве в гуманитарных американских организациях, где и познакомилась со своим будущим мужем, англичанином Джорджем Джонсом. Через какое-то время они уехали в Лондон, а потом в США, где их брак вскоре распался.
Когда в 1925 году Владимир Маяковский приехал в США в творческую командировку, Елизавета Зиберт (тогда уже Элли Джонс) стала его гидом и переводчиком. А вскоре между ними вспыхнул роман. Как рассказывала Эллен Томпсон, её мама интересовалась поэзией, читала на всех европейских языках: «Она вообще была очень образованной. Маяковский же почти не говорил на иностранных языках; естественно, ему понравилась умная девушка, которая говорит по-русски. К тому же мать была очень красивой, её часто приглашали работать моделью. У неё была очень натуральная красота: у меня сохранился портрет работы Давида Бурлюка, сделанный, когда они все вместе были в Бронксе. Маяковский, можно сказать, влюбился в мою мать с первого взгляда, и уже через несколько дней они почти не расставались. Они вместе появлялись на всех приёмах, вместе встречались с журналистами и издателями. Ходили в зоопарк в Бронксе, ходили смотреть на Бруклинский мост. И стихотворение «Бруклинский мост» было написано сразу после того, как он посетил его с матерью».
К этому времени Элли Джонс уже не жила с мужем, но сохранила с ним дружеские отношения. Когда в 1926 году у Элли от Владимира Маяковского родилась дочь, Джордж Джонс поставил в свидетельстве о рождении девочки свою фамилию, чтобы все считали её «законнорожденной», таким образом, став её юридическим отцом. О том, кто её настоящий отец, девочка узнала в 6-летнем возрасте и молчала об этом более полувека. Говорила, что мать до самой своей смерти просила её не являть миру главную семейную тайну: «Она всегда избегала всяких разговоров по поводу её романа с Маяковским. Плюс я не хотела предательства по отношению к отчиму, который был замечательным человеком».